Hâcegân Vakfı Genel Sekreterliği; Vakfın idare ve icra organı tarafından yapılan iş ve işlemlerin yerine getirilmesine yardımcı olmak üzere oluşturulan idari bir birimdir. İdari açıdan Vakıf Genel Başkanlığına bağlıdır. Genel Sekreteri, Vakıf Genel Başkanı atar ve görevine son verir. Genel Başkan tarafından kendisine tevdi edilen iş ve işlemleri  yapar. Vakfın tüm yazışmaları ve toplantı gündemlerinin oluşturulması işlerini yerine getirir.

Genel Sekreter; Vakıf Genel Başkanı adına, bütün gerçek ve tüzel kişilerle hukuki, mali ve sair konularda gerekli girişimlerde bulunur ve işlemler yapar. Vakfın muhasebe işlerinin düzenli yapılıp yapılmadığı konularını denetler. Hesap dönemi sonunda gelir-gider cetveli ve bilançoların düzenlenerek ilgili idareye gönderilmesini ve ilanını sağlar. Mütevelli Heyetin kabul ettiği yıllık bütçenin uygulanmasını Genel Başkan adına yürütür.

Genel Sekreter; Mütevelli Heyet, Âlimler ve Âkiller Kurulu ve İl Başkanları toplantılarıyla ilgili hazırlık işlemlerini yapar. Mütevelli Heyet toplantılarında, döneme ait vakıf faaliyet raporunu Genel Başkan adına ibraya sunar. İlgili mevzuat ile vakıf senedi ve vakıf iç mevzuatının gerektirdiği diğer görevleri yapar.